《百年清学研究九论》首先鸟瞰式地论述了20世纪清代学术史研究取得的成就和演进的历程，依各时代特点将整个20世纪清代学术史研究的历程划分为中西结合研究、社会史与学术史互动研究和跨学科研究三个阶段。然后对该领域八位有代表性学者进行个案研究，归纳出每位学者研究的特点。如梁启超的研究重视汇通中西文化的学术思想、注重揭示学术与政治的联系；钱穆善于运用多种类型的比较方法评论清代学者，并且在书中以天下为己任，提倡民族精神；侯外庐研究中历史感与现实感息息相通，注重民族化特点；杨向奎治学博大、文理贯通，继承并发扬了侯外庐社会史与学术史紧密结合的研究风格；周予同治学精深，文章浩荡畅达，其站在史学家立场纵论清代今文经学；张舜徽治学气象博大，而且精于考证，常突破前人成说，提出己见；谢国桢注重对明末清初风格豪迈、气节坚贞、博大精深和务实学风的揭示，反映了他学术研究的旨趣；王树民治学善于提纲挈领，好作深沉之思，其个案考察与宏观论述并重。